Счетоводството на електронната търговия е процесът на проследяване и управление на финансовите транзакции, които се извършват онлайн. Това включва продажби и покупки, извършени чрез онлайн магазин, както и всякакъв друг вид финансови транзакции, които се осъществяват по интернет. Счетоводството на електронната търговия може да бъде сложна задача, тъй като изисква от предприятията да проследяват и управляват голям брой транзакции. Съществуват обаче редица софтуерни програми и инструменти, които помагат на предприятията да управляват счетоводството на електронната търговия. С подходящите инструменти предприятията могат да рационализират счетоводните си процеси и да спестят време и пари.